Для этого нужно лишь пройти через следующий алгоритм действий:
1) Зайдите в phpmyadmin и выберите базу нужного WordPress
2) Прейдите на вкладку SQL и выполните следующий запрос:

DELETE FROM wp_comments WHERE comment_approved ='0';

Для удаления еще и одобренных комментариев повторите несложных алгоритм, изменив запрос на следующий:

DELETE FROM wp_comments WHERE comment_approved ='1';