Переименовываем папку mod_tmp в mod_tmp_old. Для новых сессий создаем новую папку mod_tmp

Чистим папку mod_tmp_old командой:

find tmp/ -type f -mmin +360 -delete

где tmp/ — путь к папке со старыми сессиями, а +360 время за которое удалять сессии. Например при таком значении, будут удалены все файлы сессий, время создания которых более 6 часов.

Приготовьтесь к тому, что файлы будут удаляться несколько дней, а то и недель.

Исправляем проблему с неудалением сессий.
В конфиг файле /etc/php.d/apache/php.ini

Ставим session.gc_probability=1
По умолчанию стоит 0

Перезагружаем apache
/etc/init.d/apache2 restart