В связи с тем, что в новой ветке php 5.3 используется не zend ioncuber, a zend guard loader, нужно было установить его прямо с сайта разработчика.

Скачайте ZendGuardLoader

wget http://downloads.zend.com/guard/5.5.0/ZendGuardLoader-php-5.3-linux-glibc23-x86_64.tar.gz

tar xzvf ZendGuardLoader-php-5.3-linux-glibc23-x86_64.tar.gz -C /usr/local/

chmod -R 755 /usr/local/ZendGuardLoader-php-5.3-linux-glibc23-x86_64/

*Если у Вас 32-битная система, то вместо x86_64 напишите i386

Создайте файл vi /etc/php.d/zend.ini и добавьте строчку

zend_extension=/usr/local/ZendGuardLoader-php-5.3-linux-glibc23-x86_64/php-5.3.x/ZendGuardLoader.so

Перезагрузите веб-сервер /etc/init.d/httpd restart

Проверьте командой php -v наличие строчки «With Zend Guard loader …»