1. Зайти на сервер по SSH.
2. Выполнить
$ mysql -u USER -p
USER — это ваш пользователь MySQL
3. Ввести пароль для USER.
4. Выполнить
show processlist;
(не забудьте про точку с запятой в конце)
5. Узнать идентификатор тяжелого запроса.
6. Выполнить
kill query 12345;
где 12345 заменить на идентификатор запроса.