Итак. Сделать это оказалось довольно легко. Как и с комментариями админа все делается также в два действия.

1. В файле comment.tpl находим следующие строчки:

<div id="comment_id_{$oComment->getId()}" class="comment {if !$oUserCurrent or ($oUserCurrent and !$oUserCurrent->isAdministrator())}not-admin{/if} {if $oComment->getDelete()} deleted{elseif $oUserCurrent and $oComment->getUserId()==$oUserCurrent->getId()} self{elseif $sDateReadLast<=$oComment->getDate()} new{/if}" >

и добавляем:

{if $oTopic and $oComment->getUserId() == $oTopic->getUserId()}topicstart{/if}

получаем:

<div id="comment_id_{$oComment->getId()}" class="comment {if !$oUserCurrent or ($oUserCurrent and !$oUserCurrent->isAdministrator())}not-admin{/if} {if $oComment->getDelete()} deleted{elseif $oUserCurrent and $oComment->getUserId()==$oUserCurrent->getId()} self{elseif $sDateReadLast<=$oComment->getDate()} new{/if} {if $oTopic and $oComment->getUserId() == $oTopic->getUserId()}topicstart{/if}" >

2. В файле comments.css добавляем стиль:

.comment.topicstart  { background: #желаемый цвет; }

Вот собственно и все. Напомню, что при должной сноровке и смекалке можно изменить не только цвет блока.