Есть сервер с ISPmanager Lite на котором я с консоли через useradd добавил еще одного пользователя. ISPmanager же в итоге его как то «спалил» и добавил в список пользователей. Теперь пытается его бекапить встроенными средствами и ругается в логи из-за невозможности операции.
Как его оттуда убрать?

Если пароль пользователю не нужен (например, вы под ним только через su авторизуетесь, или только ключами по ssh, или только по крону) — то можно ему в /etc/shadow во втором поле поставить * вместо засоленного пароля (или перед ним поставить !) — тогда ispmanager будет его игнорировать.