Из раздела WWW domains в панели ispmanager исчез домен. При попытке добавить его второй раз появляется ошибка «rotate already exists». Как эту проблему решить? И почему вообще мог исчезнуть домен?

Нужно удалить из файла /usr/local/ispmgr/etc/rotate.conf записи об исчезнувшем домене. Потом добавить домен заново из панели.

Вам необходимо привести программное обеспечение на вашем сервере к новой версии лицензии. Для выполнения последующих действий вам необходимо зайти на ваш сервер по SSH с правами пользователя root.

Для смены Lite на Pro запустите на вашем сервере команду /usr/local/ispmgr/sbin/up2prof.sh
Для смены Pro на Lite запустите на вашем сервере команду /usr/local/ispmgr/sbin/down2lite.sh

ISP manager lite/pro
/usr/local/ispmgr/etc/www.skel/index.html

Мои цены, на вечную.

lite — 1000р
pro — 1800р

Цены на сайте ispsystem

От вас нужно — ip сервера, куда прилеплена лицензия. (ip меняется через меня)
данная процедура, по регламенту не чаще раза в месяц. а у партнеров, с сменой ip особо медленно, учтите.
*всякая справка, тут.

Я поэтому и говорю — вечная.
Так что, это выгодно, купил сервер, хороший какой-ниб. И туда уже, на пару лет, поставил лицензию ;)